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农村信用社扣款短信的真实性需要结合具体情况进行判断。
涉及扣款，并且收到了相应的交易通知或扣款提醒，那么短信可能是真实的，为了确保安全，建议您采取以下措施进行验证：
1、确认短信是否来自官方号码，可以通过查询农村信用社的官方网站或客服热线来确认。
2、不要轻易点击短信中的链接或附件，特别是那些不熟悉的链接，以避免可能存在的安全风险。
3、如果对短信内容存在疑问，可以直接联系农村信用社的客服部门进行咨询和确认。
对于任何涉及财务交易的短信，尤其是扣款短信，一定要谨慎对待，确保核实信息的真实性，如果您有任何疑虑，建议直接联系相关机构进行确认，以保护自己的财产安全。